en

Identification of Conformational Epitopes Tramontano, Anna Abstract Efficient methods for selecting peptide sequences able to mimic interacting regions of a protein surface are nowadays widely used in molecular biology. This leads to the problem of identifying which part of the protein surface is mimicked by the selected peptide. One possible method is to generate and store in a data base all possible peptides able to mimic the surface of a protein of known structure. Selected mimicking peptide sequences can be used to search the data base efficiently and to locate interacting regions, such as antibody epitopes. Here the application of such a method is described. The results of a phage library screening performed using a monoclonal antibody raised against human H-ferritin are used as a case study. The location of the identified epitope is in excellent agreement with all the data available on the antibody-ferritin complex. Keywords data base search, epitopes, ferritin, peptide libraries

es

Identificación de Epítopos Conformacionales Tramontano, Anna Resumen En la actualidad, se ha difundido bastante el uso de métodos eficientes de biología molecular para seleccionar secuencias peptídicas capaces de imitar regiones de una proteína que interactúan con otras moléculas. Esto trae consigo la dificultad de identificar qué parte de la superficie de la proteína es imitada por el péptido seleccionado. Una vía posible es la generación y almacenamiento en una base de datos, de todas las secuencias peptídicas posibles que pueden imitar la superficie de una proteína de estructura conocida. Las secuencias de los péptidos seleccionados se utilizan para buscar en la base de datos y ubicar regiones de interacción como los epítopos reconocidos por anticuerpos. En este artículo se describe la aplicación de este método. Se tomaron como ejemplo los resultados de un tamizaje realizado a una biblioteca peptídica con un anticuerpo monoclonal específico contra la cadena H de la ferritina sérica humana. La localización del epítopo identificado coincide satisfactoriamente con los datos disponibles en la literatura sobre el complejo ferritina-anticuerpo. Palabras-clave bibliotecas peptídicas, búsqueda en bases de datos, epítopos, ferritina

© Copyright 2001 Elfos Scientiae
Alternative site location: http://elfosscientiae.cigb.edu.cu/Archivo.asp?Id=6